А.Б.Шипунов

Советы по R

Шипунов А.Б. Советы по R [Электронный ресурс]. 2002. Режим доступа: http://herba.msu.ru/shipunov/software/r/rtips-ru.htm

Shipunov A.B. R-tips [Electronic resource]. 2002. Mode of access: http://herba.msu.ru/shipunov/software/r/rtips-ru.htm

1. Как сделать, чтобы R научился показывать русские буквы?

   - Если Вы работаете в Windows, надо, чтобы в файле win.ini, в разделе [FontSubstitutes] были следующие три строки (спасибо А.Ф.Юлдашеву):

   Arial,0=Arial,204
   Courier New,0=Courier New,204
   Times New Roman,0=Times New Roman,204
   
   

   К сожалению, есть такие буквы, ввод которых вызывает ошибки. Этих букв шесть (регистр имеет значение) - А Б В Ё ё я.

   Чтобы не иметь лишних проблем, не пользуйтесь упомянутыми буквами в файлах данных для R. Кроме того, R не всегда правильно читает русские заголовки столбцов (имена переменных), которые получает командой read.table(). Чтобы избежать проблем, нужно прочитать файл два раза и заменить имена, находясь уже ``внутри'' R:

   пример <- read.table("рус.dat",sep=";",skip=1)
   пример1 <- read.table("рус.dat",sep=";")[1,]
   names(пример) <- t(пример1)[,1]
   
   

   - В R под (правильно русифицированным) Linux для получения русских букв (за исключением файлов форматов PostScript и PDF) никаких усилий прилагать не надо. Единственное ограничение - не читается буква ``Ъ''.

   - При этом так и не получается русских букв в выводимых R графических файлах формата PDF и PostScript. Для решения проблем с PostSctipt любители T_EX'а могут использовать пакет psfrag (о его использовании можно прочитать в
   http://www.inp.nsk.su/ baldin/Cyrillic-HOWTO-russian/ch08s05.html), а остальным рекомендуется следующее:

   1. Найти русские Type1 шрифты (например, шрифты sharatype, которые доступны по ftp.ice.ru). Следует заметить, что распространенные шрифты PsCyr не годятся, поскольку не имеют глифа ``minus'', а шрифты cm-super вызывают ошибки при включении получившихся ps-файлов в документы L^AT_EX.
   2. Написать вектор перекодировки в ту кодировку, которой Вы пользуетесь. Вектор перекодировки в KOI8-R (файл koi8.enc) написан мною и находится в архиве материалов семинара. Если Вы работаете в Windows, вектор придется написать самостоятельно.
   3. Разместить компоненты по местам: *.pfa в директорию R_HOME/pfa, *.enc туда же, *.pfb в директорию того PostScript-интерпретатора, которым Вы будете пользоваться для просмотра и печати будущих ps-файлов.
   4. Создать ps-файл с русскими буквами, например, таким способом:

      postscript(file="1.ps", one=F, horiz=F, family=c("h8c.afm","h8cb.afm","h8ci.afm","h8cbi.afm"), encoding="koi8.enc")
      plot(1:20, main="По-русски")
      dev.off()
      
      

   5. Просматривать/печатать его при помощи, например, Ghostscript (не забудьте указать ему, где искать файлы шрифтов). ps-файл можно отконвертировать в PDF имеющейся в Ghostscript командой ps2pdf. К сожалению, это единственный в настоящее время способ создать PDF-файл с русскими буквами, поскольку внутренняя функция pdf() не способна использовать русские Type1-шрифты.
2. Что делать, если графический интерфейс R под Windows ``виснет''?

   - Варианты: (1) закрыть окно вывода графиков командой dev.off() и запустить снова командой windows(); (2) перезапустить R (но не Windows!); (3) перестать пользоваться программой Rgui.exe, а запускать R в окне DOS-терминала или даже в полноэкранном DOS-режиме через программу Rterm.exe (правда, при этом не отображаются русские буквы); (4) сменить системный файл mswcrt.dll на более новый (или старый); (5) поменять версию R.

3. Где получить функции R для работы с экологическими многомерными данными, например, ``detrended correspondence analysis''?

   - Существуют по меньшей мере два сайта, авторы которых занимаются приложениями R к экологии, например, к геоботанике: это сайт Jari Oksanen (http://cc.oulu.fi/~jarioksa) и сайт Dave Roberts (http://labdsv.nr.usu.edu/). Там много и других полезных материалов, например, описание работы с многомерными данными в S-PLUS и R.

4. Где получить начальные сведения о статистических методах, желательно с использованием R?

   - Есть курс, который называется ``SimpleR'' и предназначен для начального изучения статистики средствами R. Он размещен на сайте http://www.math.csi.cuny.edu/Statistics/R/simpleR.

5. Какие есть источники сведений по R, не отраженные на главной странице проекта (http://r-project.org)?

   - Обязательно нужно смотреть материалы телеконференций по R. Удобно это делать через HTML-сервис, который предоставляет сайт http://maths.newcastle.edu.au/~rking/R. Кроме того, хорошо организованная подборка ответов на вопросы по R существует на сайте http://lark.cc.ukans.edu/~pauljohn/R/statsRus.html.

   Очень полезные пакеты Frank Harrell Hmisc и Design, а также его книга по работе с R и S-PLUS находятся на сайте http://hesweb1.med.virginia.edu/biostat/s/.

   Хорошие примеры работы с R в медицине есть на сайте Mark Myatt http://www.medepi.org/epitools.