Сканировать для последующей обработки программами из серии TPS можно любые плоские предеты: свежие листья, засушенные и расправленные части цветка, рисунки срезов черешков и т.д.
Если для сканирования используется ручной сканер, то объект лучше накрыть стеклом.
При сканировании надо выбирать черно-белое изображение (если при этом теряются какие-то важные детали, можно использовать цветное 256 цветов). Обычно не имеет смысла использовать разрешение выше 200 dpi, однако если размер объекта не превышает 1 см (как, например, губа цветков Dactylorhiza), стоит использовать разрешение 400-600 dpi либо аппаратное увеличение 200%. Для каждого объекта нужно создать отдельный файл под названием "xx-yy.pcx", где "xx" -- это номер популяции (если номер меньше 10, то обязательно с лидирующим нулем), а "yy" -- номер особи; например "03-01.pcx". У полученных файлов надо аккуратно обрезать белые края и стереть грязь. Сохранять лучше всего в формате PCX black and white (для цветных картинок -- PNG 256 цветов), в директории под названием объекта. Дла транспортировки файлов следует их архивировать по директориям архиватором PKZIP, zip или WinZip.